Mit der Gründung des Vereins „Sassnitzer Fischerei- und Hafenmuseum e.V.“ begann 1993 die Geschichte des heutigen Museums. Mit Hilfe der Stadtverwaltung und vieler ortsansässiger Firmen gelang es, ein Museum in der ehemaligen Hafenarztpraxis des Fischkombinates einzurichten. Der Aufbau und der Betrieb der ersten Jahre wurde möglich gemacht durch verschiedene Förderprogramme der Agentur für Arbeit und die ehrenamtliche Unterstützung durch Mitglieder des Vereins. Um die Museumsarbeit auf eine solide finanzielle Basis zu stellen, wurde das Museum 2010 in eine städtische Stiftung überführt, die seitdem durch den Stadthafen Sassnitz verwaltet wird. Der Verein unterstützt die Einrichtung weiterhin als Förderverein.

Sturmgespräche hielten einst die Fischer ab, wenn sie wegen rauer See nicht auslaufen konnten. Diese Tradition griff der Museumsverein 1998 auf, als er ein sehr erfolgreiches Format ins Leben rief. Bis April 2022 sind insgesamt 155 Sturmgespräche durchgeführt worden, bei denen Sassnitzer Persönlichkeiten über spannende Erlebnisse, historische Begebenheiten und die Entwicklung der Stadt berichteten und sich den Fragen der Zuhörer stellten.